Ko je konec maja 2016 podpisal triletno pogodbo s klubom, so imeli navijači Manchester Uniteda izjemno visoka pričakovanja. Videli so ga kot rešitelja iz velike krize, kot dostojnega naslednika slovitega Alexa Fergusona. Prva sezona v premier ligi se ni končala po pričakovanjih, United je sezono končal na 6. mestu , se je pa Portugalec odkupil z zmago v ligi Europa in posledično vrnitvijo v ligo prvakov.
Tokratno sezono je Mourinho začel odlično, s šestimi zmagami in remijem je trenutno na drugem mestu lestvice in enakim točkovnim izkupičkom kot mestni tekmeci. United pa že razmišlja o podaljšanju pogodbe z Mourinhem, Portugalcu ponujajo novo petletno pogodbo, s katero bi zaslužil slabih 15 milijonov evrov na sezono.