Bubnikovega življenja pa ni zaznamoval le šport, temveč je bil več let tudi zaprt. Obtožba vohunjenja in poznejše prisilno delo v rudniku urana sta prekinila kariero obetavnega športnika, ki je leta 1949 s takratno Češkoslovaško postal svetovni prvak, leto prej pa se je uvrstil v finale olimpijskih iger v St. Moritzu.
Takratne komunistične oblasti so Bubnika in še nekatere soigralce iz reprezentance leta 1950 obtožile vohunjenja, večina igralcev je nato končala v zaporu. Bubnik je sprva dobil kazen 14 let zapora. Pet let pozneje so jih pomilostili, Bubnik se je sicer vrnil na hokejska igrišča, a za reprezentanco ni nikoli več zaigral.
Po koncu igralske kariere je bil trener, leta 1981 je bil prvi strateg iz takratnega češkoslovaškega hokejskega prostora, ki je delal na tujem, ko je vodil Nizozemsko, močan pečat pa je pustil tudi na Finskem, kjer so ga sprejeli v hokejsko dvorano slavnih. Po koncu komunističnega režima pa je v svoji državi deloval tudi politično in bil poslanec v češkem parlamentu.
