Tam je podpisal dveletno pogodbo s Schaffhausnom. Z njim nastopa v drugoligaškem tekmovanju in ima zelo vidno vlogo v moštvu. Jesen je bila zanj in njegove soigralce sicer izjemno težka, Schaffhausen se je na zimski premor celo odpravil kot zadnjeuvrščeno moštvo na prvenstveni lestvici.
Toda drugi del sezone je prinesel povsem drugačno sliko. Nejc in druščina igrajo kot prerojeni, v enajstih nastopih so zbrali sedem zmag ter po dva remija in poraza, s takšnim točkovnim izplenom pa so se z desetega povzpeli na četrto mesto.
Zadnje zmage se je Schaffhausen veselil v nedeljo, na gostovanju pri Le Montu je slavil z 2:0. Domačo mrežo pa je sredi prvega polčasa načel prav slovenski branilec, ki je mojstrsko premagal vratarja, kar je bil tudi njegov prvenec v tem tekmovanju. Matiral ga je z vrhunskim lobom z leve strani igrišča (od vrat je bil oddaljen približno 18 metrov) in ob tem zadetku se je marsikdo spomnil gola, ki ga je na prvi tekmi dodatnih kvalifikacij za SP 2002 proti Romuniji zabil Milan Osterc.
